財劃法修正後，中央、地方事權分配爭議再添一樁。
針對中央未編列營養午餐國產標章可溯源食材獎勵金補助，台北市、新北市、台中市只能先追加編列全額預算因應，避免孩子吃的權益受損，但也喊話中央，若調整補助政策應與地方充分溝通。屏東縣教育處也表示，將持續爭取中央補助。
餐盒全國聯合會秘書長阮專銘說，過去未推動國產標章溯源食材政策，校園午餐亂象叢生，若中央未持續編列預算推動，地方又缺乏配套措施，校園午餐可能重回過去依賴進口或非溯源食材的狀況，也擔心偏鄉午餐乏人承接，影響孩子用餐權益，呼籲政府重視。
南部有國小校長說，國小營養午餐食材供應已流標六次，只能先用短期合約確保供餐，或改用桶餐供應，但後者是廠商烹調後送到學校，食材審核不易落實，擔心明年合約到期後，若補助真的被砍，廠商不願意再來投標。
台北市教育局表示，中央刪減學童營養午餐補助，包含先前學校水電費、清寒學生午餐、國中小冷氣電費與維護費等都被刪除，地方須自籌財源填補缺口，恐排擠其他教育預算，呼籲中央審慎思考，「窮不能窮教育，苦不能苦孩子」；初估有二點五億元缺口，但午餐契約已談妥，若中央確定不補助，將在明年度追加預算。
新北市教育局指出，新北市可溯源食材年度總經費為五億元，過去由中央、地方共同分擔，市府原已編列二點五億元，確認中央不補助之後，將追加編列二點五億元，全額由市庫支應。
台中市教育局表示，針對可溯源食材獎勵金，中央過去每年補助二次，台中市全年預算大約五點二億元，中央、地方共同分擔，中央已經確定不補助，中市將調整明年度預算案，全額由市庫支出，不讓孩子吃的權益受損。
行政院在食安五環政策下，自二○一七年度起，教育部與農業部推動學校午餐採用國產可溯源食材，截至去年底止，國內學校午餐使用三章一Ｑ食材占比已達百分之九十九。
不過，針對相關預算，教育部國教署表示，財劃法修正後，地方自有財源大增，明年起將回歸由地方政府來負擔。
國教署表示，財劃法修正後，明年度地方獲配中央統籌分配稅款達八八四一億元，比前一年度大幅增加四一六五億元，各縣市政府已有適足財源支應其基本財政支出，以及辦理教育、社會福利、基本設施等事項，因此中央協助的學校午餐採用國產可溯源食材補助，二○二六年將回歸由地方政府負擔。
行政院主計總處也指出，營養午餐為地方自治事項，財劃法修正後，應由地方以獲配中央統籌分配稅款辦理，並編列預算。